| No. | 登録年 | 世界遺産名 | 所在地 | 区分 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 1993 | 法隆寺地域の仏教建造物 | 奈良県 | 文化 |
| 2 | 1993 | 姫路城 | 兵庫県 | 文化 |
| 3 | 1993 | 屋久島 | 鹿児島県 | 自然 |
| 4 | 1993 | 白神山地 | 青森県、秋田県 | 自然 |
| 5 | 1994 | 古都京都の文化財（京都市、宇治市、大津市） | 京都府、滋賀県 | 文化 |
| 6 | 1995 | 白川郷・五箇山の合掌造り集落 | 岐阜県、富山県 | 文化 |
| 7 | 1996 | 原爆ドーム | 広島県 | 文化 |
| 8 | 1996 | 厳島神社 | 広島県 | 文化 |
| 9 | 1998 | 古都奈良の文化財 | 奈良県 | 文化 |
| 10 | 1999 | 日光の社寺 | 栃木県 | 文化 |
| 11 | 2000 | 琉球王国のグスク及び関連遺産群 | 沖縄県 | 文化 |
| 12 | 2004 | 紀伊山地の霊場と参詣道 | 三重県、奈良県、和歌山県 | 文化 |
| 13 | 2005 | 知床 | 北海道 | 自然 |
| 14 | 2007 | 石見銀山遺跡とその文化的景観 | 島根県 | 文化 |
| 15 | 2011 | 平泉―仏国土（浄土）を表す建築・庭園及び考古学的遺跡群― | 岩手県 | 文化 |
| 16 | 2011 | 小笠原諸島 | 東京都 | 自然 |
| 17 | 2013 | 富士山―信仰の対象と芸術の源泉 | 静岡県、山梨県 | 文化 |
| 18 | 2014 | 富岡製糸場と絹産業遺産群 | 群馬県 | 文化 |
| 19 | 2015 | 明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業 | 岩手県、静岡県、神奈川県、愛知県、三重県、山口県、福岡県、佐賀県、長崎県、熊本県、鹿児島県 | 文化 |
| 20 | 2016 | 国立西洋美術館本館（ル・コルビュジエの建築作品） | 東京都 | 文化 |
| 21 | 2017 | 「神宿る島」宗像・沖ノ島と関連遺産群 | 福岡県 | 文化 |
| 22 | 2018 | 長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産 | 長崎県、熊本県 | 文化 |
| 23 | 2019 | 百舌鳥・古市古墳群―古代日本の墳墓群― | 大阪府 | 文化 |
| 24 | 2021 | 奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島 | 鹿児島県、沖縄県 | 自然 |
| 25 | 2021 | 北海道・北東北の縄文遺跡群 | 北海道、青森県、岩手県、秋田県 | 文化 |
| 26 | 2024 | 佐渡島の金山 | 新潟県 | 文化 |